Pirmoji elektrinė Kaune įkurta 1898 m. „Tilsmanų ir Co“ vinių fabrike. Tai buvo pirmoji pramonės įmonės elektrinė Lietuvoje.
1900 m. pradėjo veikti 2055 KW galios Kauno miesto viešoji centrinė elektrinė. Tačiau energijos neužteko augančiam miestui, todėl 1930 m. buvo pastatyta ir pradėjo veikti 6,4 MW Petrašiūnų elektrinė.
1958 m. Petrašiūnų elektrinėje buvo įkurtas šiluminių tinklų cechas, kurio pagrindu 1963 m. įsteigta Kauno šiluminių tinklų įmonė.
1971 m. rytinėje miesto dalyje pastatyta nauja 170MW Kauno termofikacinė elektrinė. Ji apjungta su Petrašiūnų elektrine.
1994 -1995 m. prie Kauno šiluminių tinklų prijungti Šakių šilumos tinklai (įsteigti 1983 m.) ir Jurbarko šilumos tinklai (įsteigti 1984 m.).
1995 m. įkurta Savivaldybės energetikos įmonė. 1997 m. ji reorganizuota į specialiosios paskirties akcinę bendrovę „Kauno energetika“.
AB „Kauno energija“ (SPAB „Kauno energija“) įsteigta skaidymo būdu, reorganizuojant SPAB „Lietuvos energija“, kuri kaip juridinis asmuo tęsia savo veiklą ir atskiriant SPAB „Lietuvos energija“ priklausantį šilumos tiekimo filialą „Kauno šilumos tinklai“ bei elektros ir šiluminės energijos gamybos filialą Kauno elektrinė.
AB „Kauno energija“ (SPAB „Kauno energija“) įregistruota 1997 m. rugpjūčio 22 d., įmonės kodas 3501483. Įregistruotas įstatinis kapitalas - 191 480 190 Lt, padalintas į 19 148 019 paprastąsias vardines akcijas, vienos akcijos nominali vertė – 10 Lt. Veiklos pobūdis: gamybinis, komercinis, paslaugos.
1998 m. gegužės 15 d. Vertybinių popierių komisijoje įregistruoti vertybiniai popieriai, išleisti reorganizuojant SPAB „Kauno energija“, vadovaujantis Akcinių bendrovių įstatymo 10 straipsnio 3 dalies 1 punktu, prijungiant SPAB „Kauno energetika“, didinant įstatinį kapitalą nuo 191 480 190 Lt iki 198 980 190 Lt. Padidintas įstatinis kapitalas įmonių rejestre įregistruotas 1998 m. liepos 15 d.
1999 m. liepos 7 d. neeiliniame akcininkų susirinkime nutarta „patvirtinti kompaniją AB Vattenfal konkurso „Kauno energetikos sektoriaus modernizavimo projektui įgyvendinti“ nugalėtoja“. 2000-06-01 gautas patvirtinantis dokumentas, kad AB Vattenfall atsisakė dalyvauti konkurse „Kauno energetikos sektoriaus modernizavimo projektui įgyvendinti“.
2000 m. vasario 21 d. neeiliniame visuotiniame SPAB „Kauno energija“ akcininkų susirinkime nutarta reorganizuoti SPAB „Kauno energija“ skaidymo būdu, atskiriant bendrovės filialus „Jurbarko šilumos tinklai“ ir „Šakių šilumos tinklai“, jų pagrindu įsteigiant naujas specialios paskirties uždarąsias akcines bendroves“.
2000 m. birželio 28 d. neeiliniame visuotiniame SPAB „Kauno energija“ akcininkų susirinkime nutarta sumažinti SPAB „Kauno energija“ įstatinį kapitalą iki 119 388 114 Lt (mažinant akcijų nominalią vertę nuo 10 Lt iki 6 Lt) bei panaikinti bendrovės specialios paskirties statusą. 2000 m. liepos 20 d. Vertybinių popierių komisija aktu Nr. AB-4757 ir aktu Nr.4756 įregistravo emitento vertybinius popierius, kurių vienos akcijos nominali vertė 6 Lt. 2000 m. rugpjūčio 8 d. užregistruotas sumažintas įstatinis kapitalas.
2000 m. spalio 5 d. steigiamajame specialios paskirties uždarosios akcinės bendrovės „Šakių šilumos tinklai“ akcininkų susirinkime nutarta įsteigti uždarąją akcinę bendrovę „Šakių šilumos tinklai“. 2001 m. sausio 2 d. įregistruota UAB „Šakių šilumos tinklai“.
2000 m. spalio 17 d. steigiamajame pakartotiniame visuotiniame uždarosios akcinės bendrovės „Jurbarko šilumos tinklai“ akcininkų susirinkime nepriimtas nutarimas įsteigti uždarąją akcinę bendrovę „Jurbarko šilumos tinklai“.
2001-04-26 eiliniame visuotiniame AB „Kauno energija“ akcininkų susirinkime patvirtinta baigiamoji reorganizavimo projekto dalis, atskiriant UAB „Šakių šilumos tinklai“ (pagal SPAB „Kauno energija“ reorganizavimo projektą, patvirtintą 2000-02-21 SPAB „Kauno energija“ neeiliniame visuotiniame akcininkų susirinkime) bei nauja bendrovės įstatų redakcija.
2002-12-03 neeiliniame visuotiniame akcininkų susirinkime nutarta parduoti AB „Kauno energija“ filialui Kauno elektrinė priskirtą turtą (Kauno elektrinė Taikos pr. 147 / V.Krėvės pr. 128), mazuto ūkį (Ateities pl. 35) ir šlamo ūkį (V.Krėvės pr. 135) uždarajai akcinei bendrovei Kauno termofikacijos elektrinė (įmonės kodas 1088449) už 116 500 000 (vieną šimtą šešiolika milijonų penkis šimtus tūkstančių) litų. 2003 m. kovo 14 dieną įvykęs visuotinis bendrovės akcininkų susirinkimas patvirtino Kauno elektrinės pirkimo – pardavimo sutarties pasirašymo datą – 2003 m. kovo 31 d.
2003 m. kovo 31 d. AB „Kauno energija“ ir Rusijos bendrovės „Gazprom“, Lietuvos įmonės „Dujotekana“ ir JAV įmonės „Clement Power Venture Inc.“ konsorciumo įsteigta UAB Kauno termofikacijos elektrinė pasirašė Elektrinės pirkimo - pardavimo bei Šilumos energijos pirkimo-pardavimo sutartis. Konsorciumas už elektrinę sumokėjo 116,5 mln. Lt, taip pat įsipareigojo investuoti į nupirktą turtą ne mažiau kaip 400 mln. Lt. Nuo 2003 m. gruodžio 30 d. šalių (AB „Kauno energija“ ir UAB Kauno termofikacijos elektrinė) susitarimu nutraukta Elektrinės eksploatavimo paslaugų sutartis.
2003 m. spalio 23 d. įregistruota dukterinė AB „Kauno energija“ įmonė UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“. 2003 m. gruodžio 30 d. UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“, įsigijo AB „Kauno energija“ filialui „Naujasodžio energija“ priskirtą turtą ir  2003 m. gruodžio 31 dieną priėmusi buvusius minėto filialo darbuotojus, pradėjo vykdyti ūkinę veiklą kaip bendrovės dukterinė įmonė. UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“ veikla - durpių gavyba, vamzdžių izoliavimas poliuretanu, vamzdynų ir šilumos mazgų montavimo ir remonto darbai bei poilsio namų veikla.
2003 m. gruodžio 30 dieną bendrovės valdyba nutarė nutraukti filialų Kauno elektrinė ir „Naujasodžio energija“ veiklą.
2004 m. rugpjūčio 31 d. bendrovės valdyba priėmė sprendimą dėl AB „Kauno energija“ filialų „Kauno šilumos tinklai“ ir „Kauno energijos paslaugos“ veiklos nutraukimo ir nuo 2004 m. rugsėjo 1 d. šių filialų pagrindu buvo įsteigti departamentai.
2004 m. rugsėjo 30 d. AB „Kauno energija“ ir UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“ šalių susitarimu nutraukė 2003 m. gruodžio 30 d. (registro Nr. 1-17532) pasirašytą Turto pirkimo – pardavimo sutartį, o nuo 2004 m. spalio 1 dienos pagal minėtą sutartį susigrąžintas turtas buvo išnuomotas UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“.
2005 m. balandžio 6 d. AB „Kauno energija“ ir UAB „City Plaza“ ir Klasmann-Deilmann konsorciumas pasirašė UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“ 100 proc. akcijų ir AB „Kauno energija“ turto, nuomojamo UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“, Akcijų pirkimo - pardavimo ir Turto pirkimo - pardavimo sutartis.

Vykdant AB „Kauno energija“ valdybos 2006 m. balandžio 24 d. sprendimą, liepos 1 d. VĮ Registrų centras įregistruota dukterinė UAB „Pastatų priežiūros paslaugos“ (įm. kodas 300580563, kurios 100% akcijų savininkas yra AB „Kauno energija“.

Pirmoji elektrinė Kaune įkurta 1898 m. „Tilsmanų ir Co“ vinių fabrike. Tai buvo pirmoji pramonės įmonės elektrinė Lietuvoje.
1900 m. pradėjo veikti 2055 KW galios Kauno miesto viešoji centrinė elektrinė. Tačiau energijos neužteko augančiam miestui, todėl 1930 m. buvo pastatyta ir pradėjo veikti 6,4 MW Petrašiūnų elektrinė.
1958 m. Petrašiūnų elektrinėje buvo įkurtas šiluminių tinklų cechas, kurio pagrindu 1963 m. įsteigta Kauno šiluminių tinklų įmonė.
1971 m. rytinėje miesto dalyje pastatyta nauja 170MW Kauno termofikacinė elektrinė. Ji apjungta su Petrašiūnų elektrine.
1994 -1995 m. prie Kauno šiluminių tinklų prijungti Šakių šilumos tinklai (įsteigti 1983 m.) ir Jurbarko šilumos tinklai (įsteigti 1984 m.).
1995 m. įkurta Savivaldybės energetikos įmonė. 1997 m. ji reorganizuota į specialiosios paskirties akcinę bendrovę „Kauno energetika“.
AB „Kauno energija“ (SPAB „Kauno energija“) įsteigta skaidymo būdu, reorganizuojant SPAB „Lietuvos energija“, kuri kaip juridinis asmuo tęsia savo veiklą ir atskiriant SPAB „Lietuvos energija“ priklausantį šilumos tiekimo filialą „Kauno šilumos tinklai“ bei elektros ir šiluminės energijos gamybos filialą Kauno elektrinė.
AB „Kauno energija“ (SPAB „Kauno energija“) įregistruota 1997 m. rugpjūčio 22 d., įmonės kodas 3501483. Įregistruotas įstatinis kapitalas - 191 480 190 Lt, padalintas į 19 148 019 paprastąsias vardines akcijas, vienos akcijos nominali vertė – 10 Lt. Veiklos pobūdis: gamybinis, komercinis, paslaugos.
1998 m. gegužės 15 d. Vertybinių popierių komisijoje įregistruoti vertybiniai popieriai, išleisti reorganizuojant SPAB „Kauno energija“, vadovaujantis Akcinių bendrovių įstatymo 10 straipsnio 3 dalies 1 punktu, prijungiant SPAB „Kauno energetika“, didinant įstatinį kapitalą nuo 191 480 190 Lt iki 198 980 190 Lt. Padidintas įstatinis kapitalas įmonių rejestre įregistruotas 1998 m. liepos 15 d.
1999 m. liepos 7 d. neeiliniame akcininkų susirinkime nutarta „patvirtinti kompaniją AB Vattenfal konkurso „Kauno energetikos sektoriaus modernizavimo projektui įgyvendinti“ nugalėtoja“. 2000-06-01 gautas patvirtinantis dokumentas, kad AB Vattenfall atsisakė dalyvauti konkurse „Kauno energetikos sektoriaus modernizavimo projektui įgyvendinti“.
2000 m. vasario 21 d. neeiliniame visuotiniame SPAB „Kauno energija“ akcininkų susirinkime nutarta reorganizuoti SPAB „Kauno energija“ skaidymo būdu, atskiriant bendrovės filialus „Jurbarko šilumos tinklai“ ir „Šakių šilumos tinklai“, jų pagrindu įsteigiant naujas specialios paskirties uždarąsias akcines bendroves“.
2000 m. birželio 28 d. neeiliniame visuotiniame SPAB „Kauno energija“ akcininkų susirinkime nutarta sumažinti SPAB „Kauno energija“ įstatinį kapitalą iki 119 388 114 Lt (mažinant akcijų nominalią vertę nuo 10 Lt iki 6 Lt) bei panaikinti bendrovės specialios paskirties statusą. 2000 m. liepos 20 d. Vertybinių popierių komisija aktu Nr. AB-4757 ir aktu Nr.4756 įregistravo emitento vertybinius popierius, kurių vienos akcijos nominali vertė 6 Lt. 2000 m. rugpjūčio 8 d. užregistruotas sumažintas įstatinis kapitalas.
2000 m. spalio 5 d. steigiamajame specialios paskirties uždarosios akcinės bendrovės „Šakių šilumos tinklai“ akcininkų susirinkime nutarta įsteigti uždarąją akcinę bendrovę „Šakių šilumos tinklai“. 2001 m. sausio 2 d. įregistruota UAB „Šakių šilumos tinklai“.
2000 m. spalio 17 d. steigiamajame pakartotiniame visuotiniame uždarosios akcinės bendrovės „Jurbarko šilumos tinklai“ akcininkų susirinkime nepriimtas nutarimas įsteigti uždarąją akcinę bendrovę „Jurbarko šilumos tinklai“.
2001-04-26 eiliniame visuotiniame AB „Kauno energija“ akcininkų susirinkime patvirtinta baigiamoji reorganizavimo projekto dalis, atskiriant UAB „Šakių šilumos tinklai“ (pagal SPAB „Kauno energija“ reorganizavimo projektą, patvirtintą 2000-02-21 SPAB „Kauno energija“ neeiliniame visuotiniame akcininkų susirinkime) bei nauja bendrovės įstatų redakcija.
2002-12-03 neeiliniame visuotiniame akcininkų susirinkime nutarta parduoti AB „Kauno energija“ filialui Kauno elektrinė priskirtą turtą (Kauno elektrinė Taikos pr. 147 / V.Krėvės pr. 128), mazuto ūkį (Ateities pl. 35) ir šlamo ūkį (V.Krėvės pr. 135) uždarajai akcinei bendrovei Kauno termofikacijos elektrinė (įmonės kodas 1088449) už 116 500 000 (vieną šimtą šešiolika milijonų penkis šimtus tūkstančių) litų. 2003 m. kovo 14 dieną įvykęs visuotinis bendrovės akcininkų susirinkimas patvirtino Kauno elektrinės pirkimo – pardavimo sutarties pasirašymo datą – 2003 m. kovo 31 d.
2003 m. kovo 31 d. AB „Kauno energija“ ir Rusijos bendrovės „Gazprom“, Lietuvos įmonės „Dujotekana“ ir JAV įmonės „Clement Power Venture Inc.“ konsorciumo įsteigta UAB Kauno termofikacijos elektrinė pasirašė Elektrinės pirkimo - pardavimo bei Šilumos energijos pirkimo-pardavimo sutartis. Konsorciumas už elektrinę sumokėjo 116,5 mln. Lt, taip pat įsipareigojo investuoti į nupirktą turtą ne mažiau kaip 400 mln. Lt. Nuo 2003 m. gruodžio 30 d. šalių (AB „Kauno energija“ ir UAB Kauno termofikacijos elektrinė) susitarimu nutraukta Elektrinės eksploatavimo paslaugų sutartis.
2003 m. spalio 23 d. įregistruota dukterinė AB „Kauno energija“ įmonė UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“. 2003 m. gruodžio 30 d. UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“, įsigijo AB „Kauno energija“ filialui „Naujasodžio energija“ priskirtą turtą ir  2003 m. gruodžio 31 dieną priėmusi buvusius minėto filialo darbuotojus, pradėjo vykdyti ūkinę veiklą kaip bendrovės dukterinė įmonė. UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“ veikla - durpių gavyba, vamzdžių izoliavimas poliuretanu, vamzdynų ir šilumos mazgų montavimo ir remonto darbai bei poilsio namų veikla.
2003 m. gruodžio 30 dieną bendrovės valdyba nutarė nutraukti filialų Kauno elektrinė ir „Naujasodžio energija“ veiklą.
2004 m. rugpjūčio 31 d. bendrovės valdyba priėmė sprendimą dėl AB „Kauno energija“ filialų „Kauno šilumos tinklai“ ir „Kauno energijos paslaugos“ veiklos nutraukimo ir nuo 2004 m. rugsėjo 1 d. šių filialų pagrindu buvo įsteigti departamentai.
2004 m. rugsėjo 30 d. AB „Kauno energija“ ir UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“ šalių susitarimu nutraukė 2003 m. gruodžio 30 d. (registro Nr. 1-17532) pasirašytą Turto pirkimo – pardavimo sutartį, o nuo 2004 m. spalio 1 dienos pagal minėtą sutartį susigrąžintas turtas buvo išnuomotas UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“.
2005 m. balandžio 6 d. AB „Kauno energija“ ir UAB „City Plaza“ ir Klasmann-Deilmann konsorciumas pasirašė UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“ 100 proc. akcijų ir AB „Kauno energija“ turto, nuomojamo UAB „Naujasodžio energijos paslaugos“, Akcijų pirkimo - pardavimo ir Turto pirkimo - pardavimo sutartis.

Vykdant AB „Kauno energija“ valdybos 2006 m. balandžio 24 d. sprendimą, liepos 1 d. VĮ Registrų centras įregistruota dukterinė UAB „Pastatų priežiūros paslaugos“ (įm. kodas 300580563, kurios 100% akcijų savininkas yra AB „Kauno energija“.