Svarbiausia energetikos problema yra atmosferos teršimas. Didžiausias atmosferos taršos šaltinis – organinio kuro deginimas.
Pagrindiniai principai, kurių laikomasi siekiant sumažinti teršalų emisiją šilumos gamybos šaltiniuose, yra mažiau taršių kuro rūšių naudojimas, turimų technologinių įrenginių panaudojimas bei jų tobulinimas. Taip pat – šilumos nuostolių mažinimas šilumos perdavimo grandinėje.
AB „Kauno energija“ šilumos gamybos šaltiniuose naudoja gamtines dujas, biodujas, mazutą, durpes ir kietą biokurą. 2014-2015 metais AB „Kauno energija“ Petrašiūnų elektrinė, „Šilko“ katilinė ir „Inkaro“ katilinė pritaikytos dirbti kietu biokuru, taip mažinant šiltnamio efektą sukeliančių dujų išsiskyrimą.
Nors, priklausomai nuo kuro rinkos, kai kuriais atvejais mazuto deginimas ekonominiu atžvilgiu yra priimtinesnis, tačiau mazuto panaudojimą riboja nacionalinių ir Europos Sąjungos teisės aktų reikalavimai bei jų pagrindu priimti gamtosauginiai apribojimai mazuto deginimui. Siekiant sumažinti į aplinką išmetamų teršalų kiekį bei padidinti katilų darbo efektyvumą, nuolat kontroliuojami katilų darbo režimai bei į aplinką išmetamų teršalų kiekiai.
Sumažėjus šilumos poreikiui, santykinai nemaža dalis šilumos prarandama perdavimo tinkluose. Siekiant ją sumažinti iki minimumo bei ekonomiškiau dirbti ir mažinti teršalų emisiją, optimizuojamos tinklų schemos ir darbo režimai, panaudojant vamzdžius, izoliuotus putų poliuretanu, rekonstruojami perdavimo tinklų vamzdynai.
