Pagal AB „Kauno energija“ įstatus, bendrovės valdymo organai yra visuotinis akcininkų susirinkimas, kolegialus priežiūros organas − stebėtojų taryba, kolegialus valdymo organas − valdyba ir vienasmenis valdymo organas − generalinis direktorius.
Visuotinio akcininkų susirinkimo sprendimai, priimti bendrovės įstatuose numatytais visuotinio akcininkų susirinkimo kompetencijos klausimais, privalomi akcininkams, stebėtojų tarybai, valdybai ir generaliniam direktoriui bei kitiems bendrovės darbuotojams.
Kolegialų priežiūros organą − stebėtojų tarybą renka visuotinis akcininkų susirinkimas Lietuvos Respublikos akcinių bendrovių įstatyme nustatyta tvarka. Šiuo metu stebėtojų tarybą sudaro 6 nariai:
Stebėtojų tarybos nariai renkami 4 (ketveriems) metams. Stebėtojų taryba iš savo narių renka stebėtojų tarybos pirmininką. Stebėtojų tarybos darbo tvarką nustato stebėtojų tarybos 2018 m. balandžio 23 d. sprendimu priimtas jos Stebėtojų tarybos darbo reglamentas.
Stebėtojų taryba formuoja vieną komitetą − Audito komitetą bei nustato šio komiteto darbo pradžią. Audito komitetas veikia pagal stebėtojų tarybos 2015 m. spalio 26 d. patvirtintas akcinės bendrovės „Kauno energija“ audito komiteto vidaus taisykles. Audito komitetas sudaromas mažiausiai iš 3 (trijų) narių, kurių bent vienas yra nepriklausomas narys. Nariai, kurie nėra nepriklausomi, skiriami iš nevadovaujančių Bendrovės darbuotojų.
Valdyba yra kolegialus bendrovės valdymo organas, kurį sudaro 5 valdybos nariai. Valdybą 4 (keturių) metų laikotarpiui renka Stebėtojų taryba. Stebėtojų taryba gali atšaukti visą Valdybą arba pavienius jos narius nesibaigus jų kadencijai. Šiuo metu bendrovės valdybą sudaro šie nariai:
Jeigu renkami pavieniai valdybos nariai, jie renkami tik iki veikiančios valdybos kadencijos pabaigos. Valdyba iš savo narių renka valdybos pirmininką. Valdybos darbo tvarką nustato jos 2018 m. balandžio 13 d. sprendimu priimtas Valdybos darbo reglamentas.
Valdyba renka ir atšaukia bendrovės vadovą, nustato jo atlyginimą, kitas darbo sutarties sąlygas, tvirtina pareiginius nuostatus, skatina jį ir skiria nuobaudas, sprendžia kitus Lietuvos Respublikos akcinių bendrovių įstatyme, bendrovės įstatuose ar visuotinio akcininkų susirinkimo sprendimuose valdybos kompetencijai priskirtus klausimus.
Generalinis direktorius yra bendrovės vadovas. Bendrovės vadovas yra vienasmenis bendrovės valdymo organas, kuris organizuoja bendrovės veiklą. Bendrovės administracijos narių įgaliojimai ir atsakomybė nustatomi generalinio direktoriaus įsakymu.
AB „Kauno energija“ iš esmės laikosi rekomendacinio pobūdžio 2006 m. rugpjūtį vertybinių popierių biržoje „NASDAQ OMX Vilnius“ patvirtinto listinguojamų bendrovių valdymo kodekso.
Daugiau informacijos apie valdybos veiklą bei vertybinių popierių biržoje „NASDAQ OMX Vilnius“ listinguojamų bendrovių valdymo kodekse įtvirtintų principų ir rekomendacijų laikymąsi galima rasti AB „Kauno energija“, konsoliduotuose metiniuose pranešimuose bei jų prieduose, kurie yra sudėtinės metinių finansinių atskaitomybių dalis.
Vadovaujantis 2018 m. gruodžio 10 d. AB „Kauno energija“ valdybos sprendimu Nr. 2018-30-1, generalinio direktoriaus funkcijas nuo 2018 m gruodžio 11 d., kol bus išrinktas naujas AB „Kauno energija“ generalinis direktorius, laikinai vykdo Gamybos departamento direktorius Vaidas Šleivys.